甘地坚决反对分治印度，认为这是对印度的“活体解剖”。他在与蒙巴顿谈判时，批评英国人的“分而治之”政策，一再重申印度只有一个民族，应成立一个国家，并强调：“重要的是请你拒绝分割印度，即使这一拒绝招致一场血流成河的战争。”他甚至建议，只要能避免分裂印度，宁可将印度主权交给真纳和穆斯林：“你可以把整个印度送给穆斯林，但千万不要分裂印度。请你将3亿印度教徒置于穆斯林统治之下，委托真纳及其同伙组成政府，把印度的主权移交给他们。”[12]
贾·尼赫鲁最初也反对分割印度，但是在临时政府中与穆斯林联盟共事的经历以及穆斯林联盟“直接行动”造成的大规模的教派流血冲突，使贾·尼赫鲁得出了痛苦的结论，分治不可避免，拖延分治只会意味着加剧已经存在的严重的内战状态，进行外科手术比让印度不断流血要好，砍掉脑袋能够摆脱头痛。在蒙巴顿的极力说服下，贾·尼赫鲁和工作委员会违背甘地的立场，讨论了旁遮普和孟加拉的分治问题，最终接受了印巴分治的主张。4月20日，贾·尼赫鲁公开声明，如果穆斯林联盟执意坚持，在不把拒绝参加该国的地区并入的条件下，可以建立巴基斯坦。贾·尼赫鲁同意分治后，国大党其他领导人也纷纷表示赞同。6月3日，蒙巴顿发表了印度和巴基斯坦分治方案，即《蒙巴顿方案》，亦称《六三方案》，并将权力移交的日期提前到1947年8月15日。